Выявление родственных видов и их группировка в пределах рода (разработка внутриродовой классификации) имеют большое значение как для понимания эволюционного развития рода, так и для селекционной работы с лилиями.

Классификацией рода Lilium занимались многие систематики, однако разработанные системы недостаточно детализированы, не охватывают во всей полноте видовой состав лилий, известный к настоящему времени и нередко основаны на признаках, не имеющих важного таксономического значения. Причины подобного положения — слабая изученность видов и их изменчивости в природных местообитаниях; работа главным образом с гербарным материалом, где многие морфологические признаки лилий искажаются или сильно изменяются.

Сложность построения классификации заключается в большом морфологическом разнообразии видов внутри рода Lilium и в отсутствии четких границ между ним и генетически близкими родами — Cardiocrinum, Nomocharis, Notholirion, Fritillaria. Поэтому объем рода Lilium и его внутриродовых групп у разных авторов оказались разными по видовому составу.

Карл Линней — создатель бинарной номенклатуры растений — включил в род 7 видов лилий („ Species Plantarum", 1753): L. candidum, L. bulbiferum, L. pomponium, L. chalcedonicum, L. martagon, L. canadense и L. camschatcense — рябчик камчатский (Fri tillaria camschatcensis). К. Л. Вильденов (С. L. Willdenow) в 1799 г., переиздавая „Species Plantarum", дополнил род Lilium еще восьмью видами.

Первая классификация известных к тому времени видов лилий была проведена в 1805 г. К. Персоной (С. Н. Persoon) и опубликована в „Synopsis Plantarum" в Париже. В основу деления рода автор положил форму околоцветника, выделив две группы видов: с колокольчатым околоцветником (с неотогнутыми листочками околоцветника) и с отогнутыми листочками околоцветника. Этот же признак в основу деления рода взял и Дж. Даби (Duby J. Е., 1828) в работе „Botanicon Gallicum", присвоив группам Персона ранг секций: sect. Liliastrum (L. candidum, L. bulbiferum) и sect. Martagon с видами L. martagon, L. pomponium, L. pyrenaicum. Европейские виды по этому же принципу разделил Г. Рейхенбах (Reichenbach Н. G. L., 1830).

Шаг вперед в создании системы рода Lilium был сделан И. Шультесом в работе ,,Systema Vegetabilum" (Schultes J. A. et Schultes J. H., 1829). Известные к тому времени 23 вида лилий по форме околоцветника он подразделил на 4 группы (без присвоения им таксономического ранга):

Fritillarioidea — включает несколько видов Fritillaria

Martagones — виды с чалмовидным околоцветником — L. martagon, L. pyrenaicum, L. pomponium, L. chalcedonicum Lilia spuria (лилии ложные) — виды с кубковидным околоцветником

и с листочками околоцветника, имеющими «ноготки», — L. umbellatum, L. philadelphicum

Lilia vera (истинные лилии) — виды с колокольчатым околоцветником, с листочками околоцветника без «ноготков» — L. candidum, L. dauricum и виды рода Cardiocrinum

В 1836 г. С. Эндлихер (S. Endlicher) опубликовал систему рода Lilium, которая в основе была сходна с системой Шультеса, но получила большее распространение. Он, как и Шультес, не определил для своих групп таксономический ранг. С. Эндлихер подразделил род на 5 групп по форме околоцветника, выделив виды Cardiocrinum в самостоятельную группу:

Amblirion — включает некоторые виды Fritillaria

Martagon — виды с отогнутыми листочками околоцветника

(чалмовидным околоцветником) и с заметными нектарниками

Pseudolirium — виды с кубковидным околоцветником, с листочками околоцветника, имеющими «ноготки» и с заметными нектарниками, — L. philadelphicum, L. catesbaei

Eulirion — виды с колокольчатым околоцветником и заметными нектарниками — L. bulbiferum

Cardiocrinum — виды с плотно прикрепленными листочками околоцветника — L. giganteum, L. cordatum

В настоящее время эти виды выделены в род Cardiocrinum.